Inokulasi adalah salah satu hal yang sangat penting dalam usaha gaharu.  Karena resin gaharu sangat tidak mudah terjadi secara alami, sehingga perlu campur tangan manusia seperti dengan pembuatan pelukaan dan memberikan bahan pemicu produksi resin gaharu seperti cendawan dan gahan lainnya.

Cendawan yang biasa diinokulasikan seperti jenis Fusarium sp., Phialopora parasitica, Torula sp., Aspergillus sp., Penicillium sp., Cladosporium sp., Epicoccum granulatum, Clymndrocladium sp., Sphaeropsis sp., Botryodiplodia theobromae, Trichoderma sp, Phomopsis sp., Chunninghamella echinulata.

Pada dasarnya cendawan tersebut membuat pelukaan yang tetap terbuka sehingga memicu produksi resin dari jaringan kayu.  Metoda inokulasi atau penyuntikan sangat bervariasi dari besarnya lubang yang dibuat atau cara membuat lubang.  Lubang dengan diameter 5 mm dapat dilakukan dengan kedalaman 5-10 cm dengan jarak yang lebih rapat seperti 5 cm sehingga satu pohon dapat ribuan lubang dapat dibuat.  Akan tetapi lubang yang cukup besar juga akan menyesuaikan jarak lubang sehingga pohon dapat bertahan dari tempaan angina sehinga tidak roboh.

Tingkat keberhasilan inokulasi pada satu pohon sangat bervariasi.  Perhitungan yang sangat pesimis hasil budi daya pada tahun ke 7 adalah 1 Kg gubal, 10 Kg kemedangan dan 15 Kg abu.